For pasienter som ikke oppnår tilfredsstillende resultat av konservative tiltak, kan kirurgisk behandling være aktuelt. Dette gjelder dersom pasienten har analinkontinens eller luftlekkasje kombinert med hastverkstrang (manglende evne til å utsette avføring ved trang).
Sakralnervemodulering (SNM)
Ved denne metoden innsettes en elektrode gjennom hull i korsbenet og plasseres tett inntil en av sakralnervene som kobles til en strømkilde (pacemaker). Strøm fra pacemakeren gis mot nervene og på denne måten påvirkes/moduleres avføringsfunksjonen. Metoden kan utføres enten som en to-trinns prosedyre hvor første trinn er en treukers test. Dersom suksefull test, implanteres pacemakeren i andre trinn. Utviklingen har, med ny standarisert teknikk, ført til at man kan utføre teknikken i én seanse hvor elektroden og pacemakeren blir implantert direkte. Metoden er effektiv og har blitt mye anvendt.
Sfinkterplastikk
Ved skade på endetarmens lukkemuskler repareres skaden ved et operativt inngrep og skal alltid gjøres ved store fødselsskader. Kan også i enkelte tilfeller gjøres i ettertid så fremt funksjonen ikke har blitt optimal eller at skaden har blitt oversett.
Colostomi
Tykktarmen legges ut på magen (stomi), og avføringen kommer der i stedet for ut endetarmen. Mange pasienter synes dette er et svært godt alternativ til å leve med avføringslekkasje så fremt ingen av overnstående tiltak har fungert, inkludert den konservative behandlingen. Livskvaliteten ved en kolostomi øker ved regelmessige tarmtømminger som oppnås ved opplæring i irrigasjon (skylling).
Antegrad colon-irrigasjon
Prinsippet ved antegrad irrigasjon er skylling av tykktarmen fra høyre side av tarmen og i “transport-retningen”. Dette kan skje ved at blindtarmen legges ut på magen, som en blindtarmsstomi (åpning). Stomien skjules med en hudfold av kosmetiske årsaker. Via åpningen tilføres kroppstemperert vann for gjennomskylling av tarmen. Dette er effektivt både ved inkontinens og obstipasjon (forstoppelse).
Gracilisplastikk
Ved ødelagt endetarmsmuskel kan en muskel fra låret flyttes og brukes som endetarmsmuskel. Muskelen som anvendes skal stimuleres elektrisk ved hjelp av en elektrode og en pacemaker. Denne metoden er lite brukt på grunn av utvikling av andre behandlingsmetoder samt risiko for komplikasjoner.
Kunstig lukkemuskel
Ved ødelagt endetarmsmuskel kan en kunstig analsfinkter settes inn. Denne metoden er lite brukt på grunn av komplikasjoner.
Gatekeeper
Metoden innebærer at man implanterer seks staver mellom indre og ytre lukkemuskel. Innen 48 timer endrer stavene form slik at de blir kortere og tykkere. Dette fører til en mekanisk lukking av analkanalen og dermed forbedret kontinens. En videreutvikling av Gatekeeper kalles for Sphinkeeper, og er under utvikling og med lovende resultater.